Timuçin'in 1206 yılında Moğol yönetimini kurmasının ardından Kubilay, 1271 yılında devletin adını "Yuan" olarak belirledi ve 1279 yılında Song hanedanını yok ederek başkentini Dadu'ya (bugünkü Beijing) taşıdı.

Moğollar, Gobi Çölü'nün kuzeyinde yaşardı. Timuçin, diğer Moğol kabilelerini yenerek Moğolistan'ı birleştirdikten sonra Moğol İmparatorluğu'nu kurdu ve Cengiz Han adını aldı. Moğol ordusu, batıya da seferler yaparak Orta Asya, Doğu Avrupa ve İran'a saldırdı. Merkezi Holin (bugün Moğolistan Halk Cumhuriyeti'nin Harholin bölgesi) olan ve Avrupa ile Asya kıtasını kapsayan büyük Moğolistan İmparatorluğu, kısa bir süre sonra birbirinden bağımsız birkaç hanlığa bölündü. Moğol imparatoru, yalnızca adı gereği Moğolların ortak hanı durumuna düştü ve zayıfladı.

Yuan hanedanının yönetimindeki kuzey kesimler, uzun süren savaşlar yüzünden yıkıma uğramıştı. Yuan hanedanının kurucusu ve İmparator Şizu olarak bilinen Kubilay, tarımı teşvik eden politikalar uyguladı ve Sarı Irmak'ı ıslah ettirdi.

Tang, Song ve Yuan hanedanları döneminde Çin dünyanın en gelişmiş ülkesiydi. Ekonomisi ve kültürü komşularının yoğun ilgisini çekiyordu. O dönemde dünyanın çeşitli ülkeleri, Çin'e sık sık elçi gönderiyor ve çok sayıda yabancı tüccar da Çin'e akın ediyordu. Çin'in yabancı ülkelerle olan temaslarında da eşi görülmedik bir canlılık vardı. Bu temaslar, Yuan hanedanı döneminde doruğa ulaştı. Yuan hanedanı ile Japonya ve Güneydoğu Asya ülkeleri arasında yakın temaslar kuruldu; çok sayıda Çin gemisi, Çin ile Hindistan arasındaki denizlerde gidip geliyordu. Çin'in üç büyük olan icadı matbaacılık, barut ve pusula, Yuan hanedanı döneminde Arap yarımadası üzerinden Avrupa'ya, Arapların astronomi, tıp ve matematik bilgileriyle İslam dini de Çin'e tanıtıldı. Çin ve Arap yarımadası arasında deniz taşımacılığının yanı sıra Yunnan eyaleti üzerinden kara taşımacılığı da açıldı. Doğu Afrika'ya gönderilen Çin porselenleri, Fas'a kadar ulaştı. Venedikli bir işadamı olan babasıyla birlikte 1275 yılında Çin'e giden Marco Polo, Çin'de 17 yıl yaşadı. Marco Polo'nun "Seyahatname" adlı kitabı, asırlar boyunca Batılıların Çin'i ve Asya'yı tanımak için başvurdukları önemli bir kaynak oldu.

Yuan hanedanı döneminde kültür alanındaki önemli bir gelişme, Yuan Qu'nun (tiyatronun bir biçimi) ortaya çıkmasıydı. Guan Hanqin, Wang Shipu, Baipu ve Ma Zhiyuan gibi tanınmış Yuan Qu yazarlarının "Dou E'ye Yapılan Haksızlar" ve "Batı Köşkü'nün Hikayesi" gibi sahne eserleri, Çin kültüründe önemli bir yere sahiptir.

Moğol yönetiminin Han Çinlilerine uyguladığı dayanılmaz sömürü ve baskı, Hanların ayaklanmasına neden oldu. 1333 yılına gelindiğinde dini tarikatler ve başka gizli örgütler tarafından başlatılan ayaklanmalar tüm ülkeye yayıldı. Bu dönemdeki büyük ayaklanma, Sarı Irmak'ta yapılan ıslah çalışmalarına katılan köylülerin başlattığı "Kırmızı Başlıklı Ordu"nun ortaya çıkmasıydı. "Kırmızı Başlıklı Ordu"nun Haozhou bölgesindeki birlikleri, Zhu Yuanzhang'ın liderliğinde "Moğolları kovarak Çin'i yeniden kurmak" sloganıyla geniş destek kazandı. Zhu Yuanzhang, ordusuyla birlikte 1368 yılında Dadu'yu ele geçirerek Yuan hanedanını devirdikten sonra Ming hanedanını kurdu.