Çin, 220-589 yılları arasındaki dönemde Wei ve Jin hanedanları tarafından yönetildi. Doğu Han hanedanı yönetiminin giderek zayıflamasıyla 2. yüzyılın sonunda Çin, uzun bir bölünmüşlük dönemine girdi.

Bu dönemin ilk yıllarında (189-265) Çin toprakları, Wei, Shu ve Wu olarak adlandırılan üç devlet tarafından paylaşıldı. Bu bölünmüşlüğe son veren Batı Jin hanedanı (265-316), varlığını ancak çok kısa bir süre sürdürebildi. Bunun ardından bölünme, yeniden başladı. Batı Jin hanedanının diğer mensupları Yantze Nehri'nin güneyinde Doğu Jin hanedanını (317-420) kurarken, Çin'in kuzeyi etnikler gruplar arasında savaşlara sahne oldu. Kuzey Çin'de ortaya çıkan çok sayıdaki yönetim, tarihçiler tarafından "16 Devlet" olarak adlandırılır.

Wei Jin döneminde Çin'in güneyinde ekonomik olarak nisbeten büyük ilerlemeler kaydedildi. Ülkenin batısında ve kuzeyinde yaşayan azınlık etnik grupların güneye göç etmeleriyle etnik kaynaşma yoğunlaştı. Wei Jin döneminde kültür alanında "Xuan" felsefesinin hakimiyeti söz konusuydu. Budizm ve Taoculuk, birbiriyle mücadeleler içinde yayılarak gelişti. Buna rağmen Budizm, genellikle yöneticiler tarafından himaye ediliyordu. Edebiyat ve sanat alanında, "Jian'an'ın Yedi Aydını" ve Tao Yuanming gibi edebiyatçıların şiirleri ve makaleleri, Wang Xizhi gibi hat ustalarının eserleri, Gu Kaizhi gibi ressamların resimleri ve Dun Huang Mağarası gibi mağara ve tapınak sanat eserleri, ölümsüz eserler olarak tarihe geçti.

Bilim ve teknoloji bakımından, tanınmış Çinli matematikçi Zu Chongzhi, dünyada matematikteki sabit sayı "π"nin noktadan sonraki yedi hanesini hesap eden ilk insandı. Jia Sixie'nin kaleme aldığı "Qi Min Yao Shu" (Tarımın Temel Teknikleri) adlı kitap tarım alanında dünyaca bilinen bir şaheserdi.

420-589 yılları arasındaki dönem, "Güney-Kuzey Hanedanları" dönemi olarak adlandırılıyor. Bu dönemde Çin'in kuzeyinde önce Kuzey Wei devleti kuruldu; sonra Kuzey Wei, Doğu Wei ve Batı Wei olmak üzere ikiye bölündü; daha sonra Doğu Wei'nin yerine Kuzey Qi, Batı Wei'nin yerine Kuzey Zhou kuruldu; dönemin sonunda Kuzey Zhou, Kuzey Qi'yi ilhak etti. Çin'in güneyinde ise Song, Qi, Liang ve Chen devletleri vardı.

Kuzey-Güney hanedanları döneminde Çin'in ortasında yaşayan insanların savaşlardan kaçıp sürekli olarak güneye göç etmesi, ülkenin güneyine çok sayıda iş gücünün yanı sıra ileri üretim teknikleri de getirdi. Bu sayede Çin'in güneyinde ekonomi hızla gelişti. Yangzhou, o dönemde güney Çin'deki en gelişmiş şehirdi. Bu dönemde kültür alanında göze çarpan bir nokta, "Xuan" felsefesinin hızla gelişmesiydi. Bununla birlikte toplumsal kargaşa, düşünce özgürlüğüne de güç kattı. Bu dönemde edebiyat alanında kaydedilen gelişmelerin en iyi örneği şiirin gelişmesiydi.

Bu dönemde Çin'in dış temaslarında da büyük canlılık görüldü. Çin, doğudaki Japonya ve Kore, batıdaki Orta Asya ve Roma İmparatorluğu'nun yanı sıra Güneydoğu Asya ülkeleriyle de temas kurdu.

Doğu Jin hanedanının yıkılmasıyla Çin, tarihte benzeri az olan Güney-Kuzey bölünmüşlüğüne girdi. Bu durum, ekonomik gelişmeyi belirli ölçüde engellediyse de, azınlık etnik gruplarının Çin'in orta kesiminde hakimiyeti ele geçirmesi Sarı Irmak havzasında eşi görülmemiş bir etnik kaynaşmayı da beraberinde getirdi. Bu sayede Çin'in kuzeyinde yaşayan etnik gruplar, Hanların etkisinde kalarak Çin ulusunu oluşturan önemli öğeler haline geldiler. Bu yüzden Güney-Kuzey hanedanları dönemi, Çin'deki etnik bütünleşme sürecinin hızlandırılmasında önemli rol oynayarak Çin ulusunun gelişme sürecinde önemli bir halka oldu.